از نظر ساختمان می توان گفت سپتیک تانک فاضلاب مخزنی است که توسط حداقل یک دیواره به دو بخش نامساوی تقسیم شده است. در بخش اول سپتیک تانک فاضلاب مواد و ذرات درشت ته نشین شده و در کف مخزن پلی اتیلن انباشته می شوند. چربی ها و روغن های شناور نیز بر روی سطح مایع درون سپتیک تانک فاضلاب تجمع می نمایند.
میکروارگانیسم های موجود در فاضلاب در شرایط بی هوازی بخشی از مواد آلاینده را تجزیه کرده نموده و باعث کاهش بار آلودگی فاضلاب درون سپتیک تانک فاضلاب می گردد. دیواره تعبیه شده بین ناحیه اول و دوم سپتیک تانک فاضلاب باعث ممانعت از عبور مواد ته نشین شده و چربی های شناور ناحیه اول به ناحیه دوم می گردد.
بدین صورت پساب زلال شده درون سپتیک تانک فاضلاب به بخش دوم منتقل شده و در نهایت پساب سپتیک تانک فاضلاب از طریق یک لوله خروجی از مخزن سپتیک تانک فاضلاب خارج می گردد. پساب خروجی معمولاً وارد چاه جذبی می گردد.
همچنین از سپتیک تانک فاضلاب جهت پیش تصفیه، تصفیه بیهوازی فاضلاب، متعادل سازی و یا ایستگاه پمپاژ فاضلاب استفاده می شود.